Terminal 1
Gammal terminal som används uteslutande för internationella avgångar. Dessa flyttas successivt till nya Terminal 3.
Terminal 2
Terminal som enbart används av Philippine Airlines.
Terminal 3
Den största och nyaste terminalen med inrikesflyg av bland annat Cebu Pacific, men även internationella avgångar. Terminal 3 ska bli den officiella utrikesterminalen på sikt.
Terminal 4
Den äldsta av NAIA:s terminaler med budgetflyg inrikes av bland annat Air Asia.
Att ta sig in till staden från NAIA gör man enklast med taxi. Det finns särskilda flygplatstaxin med gula bilar. Dessa ska använda taxameter och priset till de flesta hotell i stan bör inte kosta mer än cirka 250 pesos.